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Le mycélium est la partie végétative des champignons. Il est composé d'un ensemble de filaments, plus ou moins ramifiés, appelés hyphes, que l'on trouve dans le sol ou le substrat de culture.
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Le mycélium a au moins 3 grandes fonctions :
En contribuant à la décomposition de la nécromasse (animale, végétale, fongique), il améliore la partie organique du sol et joue un rôle majeur dans le cycle du carbone, relâchant une partie du carbone en dioxyde de carbone dans l’atmosphère où les plantes peuvent s'en nourrir, mais aussi en contribuant au puits de carbone qu'est le sol.
La germination d'une spore donne naissance à un filament mycélien haploïde (n chromosomes) appelé mycélium primaire. Mais ce dernier reste stérile. Il lui faut rencontrer un autre filament primaire porteur d'un sexe opposé. Cette rencontre donnera un mycélium secondaire fertile porteur de cellules à deux noyaux (2n chromosomes). Les filaments mycéliens se ramifient et divergent dans toutes les directions. Dans des conditions idéales, le mycélium forme alors un disque à la surface du substrat.
Lorsqu'un mycélium a accumulé suffisamment de réserves et que les conditions climatiques sont favorables, un primordium se développe jusqu'à former un carpophore (partie visible du champignon) qui donnera à son tour naissance à des spores.
La durée de vie d'un carpophore est courte : de quelques heures à quelques mois pour les polypores. En général, il dure quelques jours. En revanche, la durée de vie du mycélium est bien plus longue. Après sa fructification, il ne meurt pas mais il continue de végéter jusqu'à ce qu'il ait épuisé toutes les ressources du substrat. Avec le temps, la zone centrale se vide peu à peu de son contenu : le disque se transforme en anneau. Il est alors capable de se déplacer jusqu'à 40 cm par an avec une croissance centrifuge à condition qu'il ne rencontre pas d'obstacle et dispose d'un bon substrat.
Lorsque le champignon se reproduit, les sporophytes qu'il émet suite à ce déplacement seront eux aussi rangés en anneau, les fameux ronds de sorcières (pas toujours très ronds). Ce phénomène discret en forêt se voit bien dans les prés.
Les sécrétions du mycélium enrichissent le sol en azote et l'herbe paraît alors plus verte aux endroits matérialisés par le rond de sorcière.
Un mycélium peut se mettre au repos plusieurs mois ou plusieurs années avant de donner un carpophore (froid, sécheresse) puis reprendre sa croissance.
Le mycélium a un grand pouvoir de pénétration et de dissémination dans le substrat.
Dix centimètres cubes d'un sol fertile et très riche en matières organiques peuvent contenir jusqu'à 1 km de filaments mycéliens d'un diamètre moyen de 10 micromètres. Sa vitesse de développement peut atteindre 1 km par jour lorsqu'il se ramifie dans des conditions optimales. Sa croissance s'effectue toujours en longueur, et non en épaisseur, afin d'augmenter sa capacité d'absorption.
Dans le Michigan, aux États-Unis, des chercheurs ont mesuré un mycélium qui occupait à lui seul une surface de 15 hectares, pesait plus de 100 tonnes et était âgé de plus de 1500 ans.
Dans l'Oregon, un mycélium de l'espèce Armillaria ostoyae couvrant près de 9 km2 (880 hectares) a été identifié en 2000 par des tests d'ADN [1].
Le boulanger pour faire du pain utilise un champignon : la levure du boulanger (Saccharomyces cerevisiae). La levure réalise une fermentation qui produit du gaz carbonique, ce qui fait lever le pain.