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| Oronge (Amanita caesarea) | |||||||||
| Classification classique | |||||||||
| Règne | Fungi | ||||||||
| Taxons de rang inférieur | |||||||||
| Divisions : | |||||||||
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Le règne des Mycota, ou mycètes, est également appelé règne des Fungi. Il constitue un taxon regroupant les organismes appelés plus communément champignons. La mycologie est la science qui les étudie. Environ 90 000 espèces de champignons ont été décrites à ce jour, mais on estime qu'en 2007 moins de 10 % des espèces sont connues et identifiées.[réf. nécessaire]
Sommaire |
Autrefois classés avec les algues dans les végétaux « sans rameaux feuillés » : cryptogames, thallophytes, non chlorophylliens, les mycètes constituent à présent un règne autonome, le cinquième règne ou règne fongique [du latin fungus = champignon].
Basée sur celle des végétaux, la définition de l'organisme fongique est d'abord négative : dépourvus de tiges, de feuilles et de racines. Il est formé d'un appareil végétatif appellé thalle, sans tissus fonctionnel ni organes différenciés, constitué de cellules végétatives allongées et cloisonnées nommées hyphes. Ces hyphes s'associent le plus souvent en mycélium, sorte de feutrage difficile à voir à l'œil nu et le plus souvent impossible à identifier en l'état. Parfois, le thalle est un simple tube sans cloisons, on parle alors de structure cœnocytique et de siphon.
Leur reproduction est très discrète et d'apparence capricieuse, tantôt asexuée, tantôt sexuée, au moyen de cellules spéciales, les spores. Le champignon ne produisant pas de fleurs, il ne peut être un fruit ou carpophore au sens botanique, aussi l' appareil portant les spores et permettant la reproduction est aujourd'hui désigné par « sporophore ».
Chez les champignons supérieurs, cet appareil (souvent constitué d'un pied et d'un chapeau et alors appelé champignon par le commun) est particulièrement développé, le reste du champignon (le mycélium) étant souterrain ou dans le cœur du bois ou de l'hôte animal et donc invisible. Les champignons « inférieurs » peuvent aussi produire des sporophores, mais ceux-ci demeurent microscopiques. La plupart des champignons ont une structure pluricellulaires, mais il y a des exceptions notables : ainsi les levures sont unicellulaires.
Sont classés dans le règne des Fungi tous les organismes remplissant les conditions suivantes :
Les champignons ont été classés dans le passé comme faisant partie du règne végétal du fait de la présence d'une paroi cellulaire et de plusieurs similitudes entre leurs cycles de reproduction et ceux des algues. En 1969, Whittaker les a classés dans un règne à part celui des Mycota sur la base de plusieurs caractères particuliers comme l'absence de chlorophylle et d'amidon.
Une des classifications les plus répandues est celle de Geoffrey Clough Ainsworth (1905-1998) et Guy Richard Bisby (1889-1958) dans leur Dictionary of Fungi (1971), bien qu'elle soit aujourd'hui profondément remaniée (9e édition en 2001) on trouve encore les anciennes versions de cette classification dans certains ouvrages.
Ancienne Classification d'Ainsworth :
Ce premier règne des champignon comprenait un certain nombre d'organismes qui, par la suite, ont été replacés dans d'autres règnes :
La classification actuelle des champignons distingue cinq divisions (ou embranchements) :
Les premières études de portions d'ADN et de chromosomes tendent à proposer une nouvelle classification, dite classification systématique des champignons (terme confus car déjà utilisé pour classification systématique classique), et coïncide de plus en plus avec la classification phylogénétique, donc de moins en moins avec la classification morphologique.
| Fungi |
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Voir aussi : Mycota (classification phylogénétique)
Grâce au métabolisme de la photosynthèse, les végétaux verts peuvent fixer directement le gaz carbonique de l'air: on dit qu'ils sont autotrophes. Ce n'est pas le cas des champignons, qui sont hétérotrophes: ils doivent trouver le carbone nécessaire à leur vie dans leur environnement immédiat, sous la forme de matières organiques, selon les trois modes de nutritions suivants.
Bien qu’ils passent souvent inaperçus, les champignons sont présents dans presque tous les compartiments de l'environnement terrestre, y compris au sein d'organismes vivant avec lesquels ils peuvent entretenir des interactions durables dont le parasitisme n'est qu'une des formes Mais leur activité est le plus souvent aérobie (certain comme de nombreuses levures peuvent facultativement vivre en anaérobie). Ils sont donc plus rare dans l'eau et dans les eaux salées, dans les couches abiotiques de la croute terrestre et en haute altitude.
Les champignons jouent un rôle central dans beaucoup d’écosystème, notamment en tant que symbiote des arbres, mais surtout en tant que décomposeurs bouclant le cycle du carbone et de nombreux éléments. Avec les bactéries, ils sont les décomposeurs qui participent le plus à la dégradation de la matière organique et à la production d'humus dans les écosystèmes terrestres et jouent un rôle primordial dans les cycles biogéochimiques et les chaînes alimentaires. Certains champignons sont actifs dans les milieux humides et aquatiques. La décomposition de la matière organique végétale par les champignons est une étape essentielle du cycle du carbone.
Les champignons sont une source majeure de nourriture pour de nombreux animaux, invertébrés (ex: certaines espèces de fourmis qui les cultivent) mais aussi quelques mammifères dont par exemple l'écureuil, le sanglier ou l'ours brun.
Quelques champignons, comme les Zoopagales, sont des prédateurs de Nématodes qu’ils capturent au moyen d’anneau ou de pièges adhésifs.
Les champignons peuvent provoquer des biodétériorations posant problème, comme lors de contamination et d’altérations organoleptiques de produits alimentaires ou lors de dégradation ou altération de l'aspect physique de divers produits tels que le bois, le papier, des textiles, les peintures, les métaux, la pierre ou même le verre. Divers mécanismes intervenant dans la sélection naturelle leur permettent de s'adapter à certains biocides antifongiques quand ces derniers sont utilisés systématiquement.
Beaucoup d'espèces bioconcentrent fortement les métaux lourds et certaines les radionucléides (Elaphomyces granulatus par exemple) , contribuant à remettre en circulation des métaux qui ont été provisoirement piégés dans des organismes animaux ou végétaux, ou naturellement présent dans le sol sur certains sites métallifères.
Comme pour de nombreuses autres espèces, beaucoup d'espèces de champignons sont en régression. Il existe dans un nombre croissant de pays et régions des listes rouges d'espèces fongiques menacées.
À titre d'exemple la liste rouge des champignons menacés de suisse (limitée aux champignons supérieurs), mise à jour par l’Office fédéral suisse de l’environnement en 2007 alerte sur le fait que sur 2956 espèces et sous-espèces à propos desquelles des données fiables et suffisantes existent, 937 espèces (32 %) ont été classés comme menacées par l’Institut fédéral de recherche sur la forêt, la neige et le paysage (WSL). Une espèce est éteinte, 3 % sont « en danger critique d'extinction », 12 % sont « en danger » et 17 % sont vulnérables. 63 % sont considérés comme non menacés, mais l'état des population de 2004 autres espèces (40 % du total des champignons supérieurs connus en suisse) n'a pu être évalué, faute de données. En toute logique, les espèces les plus menacées sont celles dont les milieux ont le plus rapidement ou le plus fortement régressé (champignons des prés et pâturages maigres, des marais et liés au bois mort). Les espèces sont également jugées plus menacées en altitude où ils sont moins nombreux. (sur les 937 espèces menacées, 15 % sont des champignons forestiers. C'est probablement moins que dans d'autres pays voisins grâce à liste rouge. Cela est certainement dû à une sylviculture plus « proche de la nature » (de type prosilva) qui a su conserver une relative naturalité aux forêts et du gros bois mort. Deux études françaises ont montré que les fongicides, plusieurs jours par an étaient dans le nord de la france présents en quantité très significative dans la pluie et l'air, au point qu'on ne peut plus parler de traces. De nombreuses espèces de lichens ont également fortement régressé, même si celles qui étaient indicatrices de pollution acide réapparaissent.
On a identifié à ce jour une vingtaine de champignons mortels dans le monde, une trentaine d'excellents comestibles et une grande masse de champignons immangeables car trop amers, âcres, nauséabonds, coriaces, fibreux ou trop minuscules. Comme il n'existe aucun truc fiable pour les départager, il importe d'abord de connaître les champignons dangereux pour se limiter ensuite aux seuls comestibles sûrs et savoureux. Pour apprendre à identifier les champignons rien ne vaut la sortie sur le terrain avec un connaisseur. La liste des champignons toxiques et comestibles peut être consultée chez votre pharmacien (en France), ou sur le site de la Société mycologique de votre région.
Deux types de toxicité sont à considérer
En cas d'empoisonnement, le médecin peut confondre ces deux types d'intoxications.
La contamination et l'empoisonnement occasionnels d'animaux tels que vaches, chevaux, chèvres moutons par les métaux lourds pourrait en partie être due à la consommation de champignons, y compris d'espèces à fructification souterraines, qui passent inaperçues, telles que la truffe du cerf ou les truffes recherchées par les sangliers, les écureuils ou quelques micromammifères.
Comme le rappelle Didier Michelot du CNRS, la possibilité d'empoisonnements graves, distincts de ceux produits par les toxines organiques, et dus à la consommation de spécimens appartenant aux genres (Agaricus, Pleurotus, etc...) n'est pas exclue en raison de leur capacité à concentrer des métaux toxiques (dont cadmium, plomb, mercure..) à des doses très supérieures aux seuils toxicologiques.
Il est recommandé d'éviter les champignons récoltés dans les villes, aux abords des grands axes routiers (dont les autoroutes), dans et autour des zones polluées, dans les zones où les retombées de Tchernobyl se sont concentrées et dans les anciennes zones rouges ou d'autres polluées par les guerres. Dans quelques pays, et à plusieurs occasions, des publications officielles ont averti les individus de la possibilité d'empoisonnement provoqué par les métaux lourds dans les champignons. Les métaux ou la radioactivité (due au Césium de Tchernobyl par exemple) peuvent mettre plusieurs décennies (20 ans pour le césium qui descend dans le sol à raison d'environ 1cm/an) avant d'atteindre la zone de prospection des champignons. Parfois, il faut le temps que l'arbre bioaccumulateur pousse (décennies à siècles) avant que le champignon n'en décompose la lignine en accumulant les toxiques qui s'y sont accumulés. La plupart des pays riches imposent un contrôle sur les champignons importés, mais les champignons sauvages ne font pas l'objet d'un suivi poussé.
À titre d'exemple et à partir des analyses faites par D Michelot (CNRS) en France, on peut retenir qu'un repas typique composé de 200 g (portion moyenne) d'Agaricus arvensis frais, espèce très appréciée des cuisiniers, contenait en France 2 mg de cadmium, soit 100 fois la dose permise par les autorités de santé publique.
Des risques similaires sont posés par d'autres champignons dont certains recherchés par les amateurs :
Les Agaricales accumulent les plus grandes quantités.
La teneur la plus élevée en mercure est détectée chez
Le plomb a été détecté à des taux très élevés chez
Il est par ailleurs probable que les champignons symbiotes jouent un rôle dans l'accumulation de métaux dans le bois.
De nombreuses espèces comestibles et charnues sont utilisées à des fins alimentaires, notamment en soupes, sautées, en omelette, en friture (tenpura) ou en fricassée.
Les champignons contiennent souvent des molécules organiques très complexes, plus ou moins toxiques. La pénicilline et de nombreux médicaments sont tirés de champignons. L'agaric officinal, puissant hémostatique, est encore utilisé en médecine chinoise traditionnelle. D'autres peuvent avoir des vertus psychotropes (voir l'article détaillé Champignon hallucinogène), contenant des substances dites psychédéliques.
On trouve d'autres usages plus anecdotiques, comme le « briquet préhistorique » dit amadouvier.
Les champignons récoltés en forêt sont à considérer comme un produit forestier, autre que le bois pour l'évaluation des productions forestières de la FAO[1].
Si la culture des champignons est attestée dès l'Antiquité, peu d'espèces en Europe, malgré les différents progrès réalisés au cours du XXe siècle, se révèlent intéressantes pour une culture de type industriel ou semi-industriel. La plus grosse part du marché (cinquième rang des exportations en France) est occupée par le champignon de Paris (Agaricus bisporus). Par contre en Extrême-orient, les espèces cultivées se multiplient au fil des années, avec des champignons tels que le shiitaké, l'éringî(nom japonais!), la poule de bois, la collybie à pied de velours ou le champignon noir. La culture des champignons est appelée la myciculture (à ne pas confondre avec la mycoculture, une technique de culture utilisée en laboratoire pour les mycètes d'intérêt médical ou vétérinaire).
Il s’agit de champignons alimentaires sans distinction d’espèce.
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Production en tonnes. Chiffres 2003-2004 |
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| Chine | 1 309 455 | 42 % | 1 359 335 | 42 % | |
| États-Unis d'Amérique | 391 000 | 12 % | 391 000 | 12 % | |
| Pays-Bas | 263 000 | 8 % | 260 000 | 8 % | |
| France | 165 647 | 5 % | 170 000 | 5 % | |
| Pologne | 120 000 | 4 % | 120 000 | 4 % | |
| Espagne | 115 165 | 4 % | 115 165 | 4 % | |
| Italie | 90 000 | 3 % | 90 000 | 3 % | |
| Canada | 78 018 | 2 % | 80 000 | 2 % | |
| Royaume-Uni | 77 100 | 2 % | 80 000 | 2 % | |
| Irlande | 69 000 | 2 % | 70 000 | 2 % | |
| Japon | 67 000 | 2 % | 67 000 | 2 % | |
| Autres pays | 403 726 | 13 % | 404 238 | 13 % | |
| Total | 3 149 111 | 100 % | 3 206 738 | 100 % | |
Les mycètes peuvent atteindre des tailles insoupçonnées. Les fossiles de Prototaxites sont de nos jours classés comme des anciens champignons... de deux à neuf mètres de hauteur, pour un mètre de circonférence !
Ç'auraient été les plus grands organismes terrestres du Silurien et du Dévonien, entre -420 et -350 Ma.
De nos jours, c'est également un champignon qui détient le record de plus grand être vivant au monde (bien que la notion d'organisme soit discutable dans ce cas) : un mycélium de l'espèce Armillaria ostoyae couvrant près de 9 km2 (880 hectares) a été identifié en 2000 dans l'Orégon, par des tests d'ADN[2]. Le record précédent datant de 1992 était "seulement" de 600 hectares...
Fugaces et polymorphes, délectables ou mortels, ils ont de tous temps fasciné, intrigué ou inspiré des sentiments extrêmes, suscitant tantôt :